Η  JCC λειτουργεί το Διατραπεζικό Ηλεκτρονικό Σύστημα Πληρωμών (JCCTRANSFER) στο οποίο συμμετέχουν  Τράπεζες/Οργανισμοί μέλη  ή μη της JCC και οι οποίες, διακινούν εντολές πληρωμής για λογαριασμό της πελατείας τους.
Η Κεντρική Τράπεζα της Κύπρου   εντός της ίδιας μέρας μεσολαβεί για τον συμψηφισμό των συναλλαγών μέσω της χρεωπίστωσης των τρεχούμενων λογαριασμών  των τραπεζών/οργανισμών.